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南方医科大学研究生院成立于2016年，前身系南方医科大学研究生学院、第一军医大学研究生处。我校前身为中国人民解放军第一军医大学，创建于1951年，1979年被确定为全国重点大学，2004年8月整体移交广东省，更名为南方医科大学，是广东省唯一一所由国家教育部、国家卫计委与广东省共建的医科大学，也是广东省高水平大学重点建设高校中唯一的医学院校。

学校是国务院批准的首批硕士学位授予权单位，第三批博士学位授予权单位；1998年，被批准为全国首批临床医学硕士专业学位试点单位，2000年被批准为临床医学博士专业学位试点单位，2013年被认定为全国首批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校之一。从1979年开始招收培养硕士研究生，1987年开始招收培养博士研究生，经过30多年的研究生教育发展，我校已具备了完整的“学士－硕士－博士－博士后”人才培养体系，拥有国家重点和重点培育学科5个（人体解剖与组织胚胎学、内科学（消化系病）、中西医结合临床、病理学与病理生理学、外科学（骨外）），广东省重点学科一级学科9个，ESI世界排名前1%学科9个（临床医学、药理与毒理学、生物学与生物化学、神经科学与行为学、分子生物学与遗传学、化学、免疫学、材料科学和微生物学），临床医学入围全球前1‰。现有一级学科博士学位授权学科10个，一级学科硕士学位授权学科16个；博士专业学位授权类别2个，硕士专业学位授权类别14个；目前已为军队及地方培养博士研究生约5000人，硕士研究生约15000人。现有研究生指导教师2107名，其中，共有学术学位&专业学位博导258名，学术学位博导344名，专业学位博导172名，学术学位&专业学位硕导558名，学术学位硕导200名，专业学位硕导575名。